本作はゼノサーガ エピソードII [善悪の彼岸]から一年後の宇宙が舞台。主人公シオンたちをめぐる一連の事件の幕を引く、『ゼノサーガ』シリーズの完結編。

【グラフィック】
プレイヤーキャラはほぼ全員のモデル・コスチュームを一新。
さらにはゲーム中ストーリーの進行によってコスチュームがチェンジするキャラクターも存在します。女性キャラクターはあくまでもかわいらしくを基本に、シリアスなシーンを演出しても違和感を感じさせないバランスを追求しました。

フィールドマップは超未来の宇宙という舞台設定にふさわしい未来をイメージさせる建築物のほかに、洞窟、森、滝といった自然物など、バリエーションに富んだシチュエーションが登場します。

【システム】
バトルシーンは前作に引き続き、キャラクターを操作して戦う“キャラクターバトル”、ロボット（E.S.）に搭乗して戦う“ロボットバトル”の2パターン。

キャラクターバトル
1作目にあった必殺技が復活。複雑なコマンド入力をなくし、戦闘がスムーズに進められるつくりとなっています。

ロボットバトル
E.S.という巨大兵器に搭乗して戦うロボットバトル。今作では、演出面を大幅に改良！ 宇宙空間や、巨大空洞などのバトルマップ内を、縦横無尽に駆け巡る演出により、爽快感のあるバトルが楽しめます。

【データ】
タイトル画面から「DATA」を選択し、セーブデータをロードすると、ゲームの進行に合わせてイベントシーンのムービーやキャラクターの3Dモデルなどを閲覧することが出来ます。

【クエストパート】
ダンジョンはキャラクターを操作してダンジョンを探索する 「キャラクターパート」と、E.S.というロボットに搭乗して探索をする 「ロボットパート」があります。