『零の軌跡』の直接的な続編に該当し、前作に引き続き主人公は捜査官のロイドが務める。 当初は「第2章」を意味する『零の軌跡 SC (Second Chapter) 』のタイトル案もあったが、『零の軌跡』の青色のイメージに加え、新しいテーマの一つである「無限の可能性」に『２』や『SC』では伝えられないイメージを踏まえ、「単純な青ではなく青色の持つ深みや広がり」などが加味された「碧（みどり）と書いてアオ」と読むタイトルに決定された。 シナリオのメインテーマは零に引き続き「壁を乗り超える」に碧で新しく「同じ時代を生きていく」。 キャッチコピーは、『すべてを零（ゼロ）へ』、『英雄伝説史上最高のクライマックス』。 本作ではゲームソフトだけの通常版と2009年より限定版として続けられているドラマCD同梱版に加え、ねんどろいどが2体付属した完全予約限定版の発売を予定している。