【ストーリー】 市立見滝原中学校に通う、普通の中学2年生の鹿目まどかは、ある日不思議な夢を見る。そこは、少女が魔法で戦う異世界で、その少女の戦いを目撃する自分と、謎の白い生物から「僕と契約して、魔法少女になってほしい」と告げられる夢だった。翌朝、見滝原中学へ転校してきたのは、夢で見た美少女の暁美ほむらだった。ほむらは、まどかに「魔法少女になってはならない」と警告する。 放課後、親友の美樹さやかとCDショップへ行ったまどかは、「助けて」と呼ぶ謎の声に引かれ、ビルの一角へ迷い込む。そこで見たものは、夢の中で見た生物・キュゥべえの傷ついた姿と、それを殺そうとするほむらの姿だった。まどかとさやかは戸惑いつつも、当たり前の優しさからキュゥべえを助けるが、直後に今度は本当に異世界へ迷い込んでしまう。魔女の使い魔と称される化物達に囲まれた2人を救ったのは、同じ中学の3年生でキュゥべえと契約した魔法少女の巴マミだった。事後、改めてキュゥべえに「魔法少女になってほしい」と告げられたまどかとさやかは、思いがけない好機に興奮する。だがそれは、2人が直面するさまざまな苦難の始まりにすぎなかった。